До складу ВНЗ входять три структурні підрозділи: Професійно-морський ліцей ХДМА, в якому готують спеціалістів робочих напрямів за ОКР кваліфікований робітник, Морський коледж ХДМА, в якому готують спеціалістів суднобудівних і плавальних напрямів за ОКР молодший спеціаліст, а також Академія, в якій готують спеціалістів плавальних напрямів за ОКР бакалавр, спеціаліст і магістр.
План навчального процесу академії є інтегрованими, тож випускники як коледжу, так і ліцею мають змогу продовжувати навчатися в інших структурних підрозділах цього ВНЗ.
Курсанти проходять теоретичну і тренажерну підготовку. Крім того, вони можуть практикуватися у майстернях. Також курсантів скеровують на плавальну практику на навчально-виробниче судно ОМ-106, а також на судна зарубіжних та українських компаній.